Universitas Alma Ata berada dibawah yayasan Alma Ata. Dalam pengelolaanya di bentuk struktur pimpinan Alma Ata yang terdiri atas Rektor dan Wakil Rektor. Pimpinan Alma Ata menjalankan fungsi pengelolaan universitas, melaksanakan penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Prof.Dr.H.Hamam Hadi, MS., Sc.D.,Sp.GK. menjabat sebagai Rektor UAA sejak tahun 2015. Guru besar diraihnya pada tahun 2005 dengan pidato pengukuhan “Beban Ganda Masalah Gizi dan Implikasinya terhadap Kebijakan Pembangunan Kesehatan Nasional”. Pada tahun 2016, Profesor Hamam Hadi meraih Global Achievement Award (GAA) dari Universitas Johns Hopkins, Maryland, Amerika Serikat 
Prof.Dr.H.Hamam Hadi, MS., Sc.D.,Sp.GK.
Rektor
Dr. Muh. Mustakim, M.Pd.I.
Wakil Rektor 1
Bidang Pengembangan Akademik, Pembelajaran, dan MBKM
Ridho Satria Harahap, S.I.Kom., M.B.A.
Wakil Rektor 2
Bidang Administrasi Umum dan Pengembangan SDM
Ruwet Rusiyono, M.Pd.
Wakil Rektor 3
Bidang Kemahasiswaan, Alumni, dan Keagamaan
